Petits trous dans une lame de microscope. Les diamètres des trous sur la photo sont de 200 µm, 500 µm et 1 mm.
Aujourd'hui, une nouvelle génération de scientifiques et d'ingénieurs, qui ne travaillent pas forcément directement sur le changement climatique, s'efforce de développer des moyens de réduire leur empreinte carbone dans le monde. Kunal Pandit et Joana Petrescu, du New York Genome Center, sont des exemples de ces citoyens du monde socialement responsables qui cherchent à modifier l'impact de leur travail sur notre planète.
Réutilisation des outils de séquençage du génome
L'Illumina HiSeq 2500 est un outil de travail indispensable pour le séquençage du génome, mais comme de nombreuses machines de laboratoire, de nouveaux modèles ont été développés pour améliorer les performances. Que fait un centre de recherche avec des outils obsolètes qui ne sont plus pris en charge par le fabricant ?
Kunal et Joana ont compris que ces grosses machines lourdes comportaient de nombreux outils utiles et que les voir disparaître à la décharge ne correspondait pas à leur conscience sociale. Ils ont donc cherché des moyens de réutiliser un outil autrefois précieux dans un domaine en une plateforme open source pour la microfluidique et l'imagerie.
Créer l'innovation 4i
L'équipe a finalement développé un protocole automatisé pour la coloration hi-plex et l'imagerie de sections de tissus intacts en utilisant un processus appelé 4i. Kunal et Joana ont développé un protocole automatisé pour la coloration hi-plex et l'imagerie de sections de tissus intacts en utilisant l'imagerie par immunofluorescence indirecte itérative, d'où le nom.
L’équipe du New York Genome Center a écrit un nouveau code pour mettre à jour le contrôleur, conçu une nouvelle cellule d’écoulement qui a permis l’imagerie de nouveaux matériaux et développé d’autres éléments qui ont permis de construire une image multiplex.
Contribution du Potomac
Bien que le système soit déjà équipé d'un microscope et d'une fonction microfluidique, la nouvelle conception nécessitait un élément construit autour de la lame de verre avec des trous de précision percés pour assurer un placement précis. Les trous devaient être alignés pour le système existant afin de créer un vide qui était essentiel au processus.
L'équipe a contacté un certain nombre de fournisseurs et, selon Kunal, « aucun n'a été en mesure d'obtenir un positionnement suffisamment précis pour nos besoins ». Jusqu'à ce qu'ils trouvent Potomac. En travaillant de manière itérative avec les ingénieurs concepteurs de Potomac, les paramètres stricts ont été atteints.
Le substrat était en verre et Kunal a admis que même en interne, ils ne pouvaient pas mesurer avec précision. En envoyant la platine de la machine à Potomac, les deux équipes ont pu optimiser la conception et produire une pièce reproductible, NYGC-4.
L'expertise de Potomac en métrologie est essentielle pour travailler sur les petites échelles spatiales nécessaires au séquençage du génome, à la microfluidique, à la biotechnologie, à la microélectronique et à d'autres industries miniaturisant les produits pour les marchés du 21e siècle.
